厦门检验检疫局是质检总局驻闽直属检验检疫机构，辖区包括厦门市和漳州市。机关内设16个处室，下辖12个分支机构（包括6个分支局和6个办事处）和4个直属事业单位；共有10个国家级重点实验室和8个区域性中心实验室，以及中编办和总局特别批准设立全国唯一的“海峡两岸农产品检验检疫技术厦门中心”。现有人员1500多人。
厦门局辖区是全国重要口岸和中央对台示范区，厦门海港集装箱吞吐量居世界第17位、全国第8位，占福建省近七成；空港出入境人员和货物量居全国第5位，占全省七成多；厦、漳两市外贸进出口总额占全省六成多，食品进口占全省七成多，并设有大陆唯一的对台小额商品交易市场。厦门口岸拥有厦金航线、空中直航、客滚直航等多条两岸往来“黄金线路”，对台贸易量占全省近七成，两岸直航旅客量占全省近九成。